新中国成立后,新疆维吾尔自治区的民族宗教工作机构从建立至今,经历多次变更。1949年12月,新疆省人民政府成立时即设立新疆省人民政府民族事务委员会,赛福鼎·艾则孜为新疆省人民政府民族事务委员会主任。1950年6月,中共中央新疆分局设立民族工作部,内设管理民族宗教事务的职能处室。1954年12月,新疆省人民政府设立民族宗教事务处,阿不都热合满·穆义提为中共中央新疆分局统战部副部长兼民族宗教事务处处长。1978年3月,自治区革命委员会批准设立自治区民族宗教事务局,内设办公室、民族处和宗教处。1979年3月,撤销自治区民族宗教事务局,设立自治区民族事务委员会,内设办公室、民族一处、民族二处、宗教处。1980年6月,自治区成立新疆维吾尔自治区宗教事务局,与自治区民族事务委员会合署办公。1984年12月,自治区宗教事务局与自治区民族事务委员会分设。1995年,自治区民族事务委员会与自治区宗教事务局合并,成立自治区民族宗教事务委员会。2000年,根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》,成立新疆维吾尔自治区民族事务委员会(宗教事务局)(简称自治区民委(宗教局)),一个机构两块牌子,为自治区人民政府组成部门。